Mientras que el Harvard College tiene sus orígenes en 1636, el cuerpo llamado Facultad de Artes y Ciencias solo surgió a finales del siglo XIX. Desde 1820 hasta 1872, la Universidad de Harvard consistió en la universidad y tres escuelas profesionales (en derecho, medicina y divinidad). Las juntas de gobierno establecieron un Departamento de Posgrado en 1872 para administrar y recomendar candidatos para los grados de Maestría en Artes, Maestría en Ciencias, Doctorado en Filosofía y Doctorado en Ciencias. En 1890, las juntas directivas fusionaron facultades separadas de la Escuela Científica Lawrence y la Universidad en una sola Facultad de Artes y Ciencias. El Departamento de Graduados más tarde se convirtió en la Escuela de Graduados de Artes y Ciencias.

La Escuela Científica Lawrence abrió en 1847 y marcó el primer gran esfuerzo de Harvard para ofrecer un programa formal en ciencia e ingeniería. En 1948, la Escuela se fusionó con el Departamento de Ciencias de Ingeniería y Física Aplicada en FAS para formar la División de Ingeniería y Ciencias Aplicadas. En 2007, la División de Ingeniería y Ciencias Aplicadas se convirtió formalmente en la Escuela de Ingeniería y Ciencias Aplicadas. El 3 de junio de 2015, la Escuela de Ingeniería y Ciencias Aplicadas pasó a llamarse Harvard John A. Paulson School of Engineering and Applied Sciences, después de una donación de 4 400 millones por el ex alumno de Harvard Business School John A. Paulson.